4. Periode: 1855-1873
Botanischer Garten Würzburg am Stadtwall
Der erste Gartenführer erschien 1860:
Der Botanische Garten der Universität zu Würzburg, Verlag Stahel, Würzburg 1860 (24 Seiten)
Dieses ist der erste und bis in jüngere Zeit letzte zusammenfassende Situationsbericht über den Botanischen Garten zu einer bestimmten Zeit. Der von 1850-67 amtierende Gartenvorsteher, Professor August Schenk, befaßt sich darin nicht nur mit der Entwicklung dieser Einrichtung, sondern vermittelt vor allem einen Überblick über die seit 1854 neu geschaffene Anlage des Botanischen Gartens.
Mit der Anlage eines Linnéschen Pflanzensystems im Jahre 1833 wurden endlich auch rein wissenschaftlich-botanische Ordnungsprinzipien in den alten Botanischen Garten eingeführt.
Mit dem seit 1836 erscheinenden Samenkatalog (Index Seminum) wurden weltweite Kontakte geknüpft.
B 17: Bastion Nr. 17 der Stadtbefestigung
Orange markierte Fläche (1): Institutsgebäude mit Gärtnerwohnung
Grüne Flächen (2): Arznei- und Nutzpflanzen
Grüne Flächen (3): 'Alpenanlage' (Alpinum) in einer Vertiefung
Grüne Flächen (4): 'natürliches System' (sippensystematische Anordnung)
Grüne Flächen (5): 'Aquarium' (Sumpf- u. Wasserpflanzen)
Grüne Flächen (6): Versuchspflanzen, ein- u. zweijährige Pflanzen, morphologische Gruppen (Gestaltstypen)
Grüne Flächen (7): Arboretum (Gehölzsammlung) nach 'natürlichem System'
Rote Flächen (8-10): Gewächshäuser (großes 'Glashaus': Eisenkonstruktion, Doppelverglasung, Warmwasserheizung!)
Diese zunächst ganz vom Nützlichkeitsdenken geprägte Einrichtung unterstand bis 1854 zwei Nutznießern, dem Juliusspital und der Universität.
Die Kostenregelung wurde dem Ausbau angepasst und verdeutlicht seinen allmählichen Funktionswandel: Bis 1744 wurden alle Kosten vom Juliusspital getragen, 1744-1786 fand eine Kostenteilung mit der Universität statt, 1786-1854 übernahm die Universität 2/3 und das Juliusspital 1/3 aller Kosten.
Im Jahre 1854 vollzog sich ein grundlegender Wandel: das bis dahin 'gemeinschaftliche Attribut' wurde aufgelöst.
Mit der organisatorischen Trennung vom Juliusspital und der Verlegung des Gartens unmittelbar vor den Juliusspitalgarten (1855-59) auf Universitätsgelände im Umkreis des damals neuen Anatomiegebäudes (dem späteren 'Medizinisches Kollegienhaus', das 1997 abgerissen wurde) begann die eigentliche wissenschaftliche Ära des Botanischen Gartens.
Mit der Ernennung des Gartenvorstandes zum ordentlichen Professor der Botanik in der Philosophischen Fakultät im Jahr 1856 war die Loslösung der Botanik von der Medizin auch in Würzburg endgültig vollzogen.