Erhalt der biologischen Vielfalt
In den verschiedenen Abteilungen werden auch einige seltene und geschützte heimische und exotische Pflanzen gezeigt und erhalten ('Ex-situ'-Erhaltungsmaßnahmen). Durch die vielfältig strukturierte Anlage ist der Botanische Garten nicht nur Lebensraum für die unterschiedlichsten Pflanzen, sondern auch für eine Vielzahl an seltenen Tieren, wie z.B. Vögel, Reptilien, Amphibien und Insekten.
Die Erhaltung seltener Pflanzenarten ist ein generelles Ziel der Botanischen Gärten weltweit. Innerhalb des Verbands Botanischer Gärten e.V. gibt es den Arbeitskreis „ex-situ Erhaltungskultur“ in dem diese wichtige Aufgabe diskutiert und koordiniert wird.
Der Botanische Garten Würzburg beteiligt sich an mehreren Projekten zur Erhaltung seltener Pflanzenarten. Diese Projekte werden immer in Zusammenarbeit mit Naturschutzinstitution durchgeführt. Beispiele sind die Erhaltung von Linum leonii bei Böttigheim oder Arnica montana im Spessart. Derzeit werden seltene Ackerwildkräuter im Botanischen Garten vermehrt. Das hier gewonnene Saatgut dient zur Unterstützung der Populationen am Wildstandort.
Wichtig ist in diesem Zusammenhang auch die allgemeine Umweltbildung. Bei speziellen Führung wird über die Aufgaben und Bedeutung informiert und die Besucher über die Problematik sensibilisiert.
In diesem Zusammenhang wird auch die Abteilung „Mainfränkischer Trockenrasen“ kultiviert. Die von Professor Otto Volk 1938 erstbeschriebenen Mainfränkischen Trockenrasen nördlich von Würzburg beherbergen eine außergewöhnliche Artenvielfalt mit vielen bedrohten Arten, der roten Liste. Die interessierten Besucher können im Botanischen Garten die seltenen Pflanzenarten, die Besonderheiten und die Bedrohungen dieses extremen Lebensraums kennenlernen.