Review über RNA-SEQ Technologie zur Entschlüsselung von Wirt-Mikroben-Interaktionen
17.02.2021Jörg Vogel und Alexander Westermann publizierten in Nature Review Genetics einen Artikel mit umfassenden Einblick in Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft der RNA-Sequenzierung im Kontext von Infektionen.
Sie erklären wie next generation RNA-sequencing (RNA-seq) zur vorherrschenden Technologie geworden ist, um Wirt-Mikroben-Interaktionen mit hoher Auflösung zu untersuchen und unser Verständnis der Konsequenzen für die Physiologie zu verbessern.
Zwischen menschlichen Zellen und diversen kommensalen oder pathogenen Bakterien besteht eine vielfältige permanente Interaktion. Der jeweilige Zustand der interagierenden Zellen ist entscheidend für den Ausgang dieser Interaktionen, z. B. ob bakterielle Virulenzprogramme und Wirtsabwehr- oder Toleranzmechanismen induziert werden. Mit next generation RNA-sequencing (RNA-seq) hat sich eine vorherrschende Technologie entwickelt, um Wirt-Mikroben-Interaktionen mit hoher Auflösung zu untersuchen und unser Verständnis der Konsequenzen für die Physiologie zu verbessern. Es wird veranschaulicht, wie die Trennschärfe und Sensitivität von RNA-seq dazu beitragen, immer komplexere zelluläre Interaktionen zeitlich und räumlich bis auf die Einzelzellebene aufzulösen. Sie skizzieren auch, wie die Transkriptomik in Zukunft Antworten auf derzeit offene Fragen bei Wirt-Mikroben-Interaktionen geben und Behandlungsoptionen bei mikrobiellen Erkrankungen möglich werden können.
