Prof. Dr. Emmanuel Saliba
FORSCHUNGSPROJEKTE
- Einzell-Zell RNA Seqenzierung
- Transkriptom Analyse in in vivo Modellen
Forschung
Pathogene Organismen haben erstaunliche Fähigkeiten Wirtszellen zu unterwandern damit sie überleben oder sich vermehren können. Die Charakterisierung und das Verständnis infizierter Zellen auf Einzelzellebene mit Hilfe genomweiter Transkriptomanalysen in Kombination mit in-vivo-Modellen und Gewebezüchtung sind ein wirksamer Ansatz, um die Heterogenität des Infektionsprozesses zu verstehen. Diese Ansätze haben auch das Potenzial, die Mikroumgebung zwischen Wirt und Erreger zu entschlüsseln und letztlich die Auswirkungen einzelner Infektionsherde auf den Krankheitsverlauf mit einer noch nie dagewesenen Auflösung zu klären. Unsere Modellorganismen sind Salmonella Typhimurium und Atemwegsviren. Auf der Grundlage der Einzelzelltranskriptomik entwickeln wir quantitative Methoden, um die physiologischen Merkmale jedes einzelnen Pathogens in Raum und Zeit in Verbindung mit seinem Wirt zu verfolgen. Ein weiterer Schritt ist die dreidimensionale Rekonstruktion der Umgebung von Infektionsherden.
Wendisch D, Dietrich O, Mari T, von Stillfried S, Ibarra IL, Mittermaier M, ..., Ochs M, Eils R, Müller-Redetzky H, Hauser AE, Luecken MD, Theis FJ, Conrad C, Wolff T, Boor P, Selbach M, Saliba AE#, Sander LE# (2021)
SARS-CoV-2 infection triggers profibrotic macrophage responses and lung fibrosis
Cell 184(26):6243-6261.e27
#corresponding authors
Imdahl F, Vafadarnejad E, Homberger, C, Saliba AE#, Vogel J# (2020)
Single-cell RNA-sequencing reports growth-condition-specific global trans-criptomes of individual bacteria
Nature Microbiology 5(10):1202-1206
#corresponding authors
Schulte-Schrepping J, Reusch N, Paclik D, Baßler K, ..., Schultze JL, Aschenbrenner AC, Li Y, Nattermann J, Sawitzki B, Saliba AE, Sander LE, Deutsche COVID-19 OMICS Initiative (DeCOI) (2020)
Severe COVID-19 is marked by a dysregulated myeloid cell compartment
Cell 182(6):1419-1440.e23
Publikationen chronologisch (pdf)