Massenspektrometrie
Folgende massenspektrometrische Methoden und Anwendungen stehen allen Arbeitsgruppen des Rudolf-Virchow-Zentrums zur Verfügung. Nach Absprache können auch Analysen für andere Arbeitsgruppen der Universität Würzburg und des Uniklinikums in Form von Kooperations- oder Serviceprojekten durchgeführt werden.
Interaktomanalysen
Die Identifizierung spezifischer Protein-Interaktionspartner erfolgt durch Analyse von CoIP-Proben. Zur Unterscheidung von spezifisch und unspezifisch gebundenen Proteinen kommen quantitative Methoden (label-free, SILAC, N15-Labeling) zum Einsatz.
Analyse posttranslationaler Modifikationen (PTMs)
Identifizierung, Lokalisierung und Quantifizierung von PTMs, wie z.B. Phosphorylierung (ggf. Anreichung mittels TiO2), Ubiquitin, SUMO, Acetylierung, Methylierung, ADP-Ribosylierung und GlcNAc. Die exakte quantitative Bestimmung des positionsspezifischen Acetylierungsgrades an Lysin-Resten (z.B. an Histonen) kann mittels Fragment Ion Patchwork Quantification durchgeführt werden (ElBashir R et al., 2015).
Quantitative Proteomanalysen
Globale quantitative Proteomanalysen können sowohl label-free als auch mittels N15-Labeling oder SILAC durchgeführt werden. Auch pulsedSILAC-Analysen können durchgeführt werden.
Identifizierung von HLA-Peptiden
Isolierung mittels anti-HLA Antikörper, massenspektrometrische Analyse, de novo Sequenzierung, NetMHC-Analysen
De Novo-Sequenzierung monoklonaler Antikörper
Die Sequenz monoklonale Antikörper kann mittels de novo-Sequenzierung bestimmt werden. Hierzu wird der Antikörper (leichte und schwere Kette getrennt) mit unterschiedlichen Proteasen verdaut und mittels unterschiedlicher massenspektrometrischer Fragmentierungstechniken (HCD & ETD) analysiert. Die Anwendung von EThcD ermöglicht hierbei in vielen Fällen sogar die Unterscheidung zwischen Leu und Ile.
Folgende nanoLC-gekoppelten ESI-MS/MS-Systeme stehen zur Verfügung:
- Orbitrap Velos Pro (Thermo Scientific)
- Orbitrap Fusion ETD (Thermo Scientific)
Beide Systeme sind jeweils an eine nEASY-LC 1000 (Thermo Scientific) gekoppelt. Die Auftrennung der Peptide erfolgt durch C-18 Reversed-Phase Chromatographie.
An der Orbitrap Fusion kann neben der üblichen HCD-Fragmentierung auch ETD genutzt werden. Diese Fragmentierungsmethode wird insbesondere für die Analyse von PTMs und für die de novo-Sequenzierung eingesetzt.
