Finanzprobleme und Niedergang
Die Schule wurde fast ausschließlich von Kollekten, den cathedratica, finanziert. Diese Abgabe hatte die Geistlichkeit von Stadt und Land zu erübrigen. Die Versorgung der Professoren erfolgte durch Pfründe der Kollegialstifte Haug und Neumünster.
Leider scheiterte der Versuch, der Errichtung von Stiftungen, Kollegien oder der Zuteilung von Pfründen, zu einer dauerhaften Finanzierung der Hochschule heranzuziehen und stellte einen wesentlichen Grund für das Ende der ersten Universität von Würzburg dar.
Der Tod des Fürstbischofs
Mit dem Tode Johanns von Egloffstein 1411 verlor die Hochschule nicht nur ihren Gründer, sondern auch ihren Förderer.
Johanns Nachfolger Johann II. von Brunn war trotz anfänglichen Wohlwollens, nicht in der Lage die Universität am Leben zu erhalten. Dies hing nicht nur mit dem Desinteresse von Stadt und Hochstift zusammen, sondern auch mit den damaligen Problemen, mit denen diese zu kämpfen hatten. Neben den immensen Schulden waren es vor allem innere Konflikte und die Hussiten Hussitenkriege, die Würzburg schwer zusetzten. Das endgültige Aus ereilte die Hochschule wohl nachdem Rektor Johannes von Zantfurt 1413 von seinem Diener in seiner Wohnung im Großen Löwenhof ermordet wurde. Der genaue Zeitpunkt, wann die erste Hochschulgründung ihr Ende fand, ist nicht eindeutig bestimmbar.
Angebliche Gründe für den Niedergang
Der Abt des Würzburger Schottenklosters Johannes Trithemius verfasste im 16. Jahrhundert folgende Verse, in denen er seine persönliche Meinung äußerste und auf einen altbekannten Topos zurückgreift, in dem er aber die Ursache für das Ende der ersten Würzburger Universität sah:
Balnea, census, amor, lis, alea, crapula, clamor, Impediunt multum Herbipoli studium, was soviel bedeutet wie "Badespaß, Geld und Liebe, Würfelspiel, Suff und Geplärr, setzten gar bald ein Ende, Würzburgs hoher Schul".
