Rektoren seit der Universitätsgründung 1402
Am 10. Dezember 1402 wurde die Universität als „Hohe Schule zu Würzburg“ mit Verleihung der päpstlichen Privilegien unter Fürstbischof Johann von Egloffstein gegründet. Die Universität wurde als Volluniversität konzipiert.
Während in der im Papsprivileg als Vorbild angegebenen Universität von Bologna der Rektor von Studenten aus der Studentenschaft gewählt wurde, war es bei Mischverfassungen, wie etwa in der anderen großen, prägenden Universität Prag, üblich, dass Studenten und Magister zusammen einen Vertreter wählten. Für Würzburg belegen die bekannten Namen der Rektoren, dass keine Studenten, sondern Geistliche, entweder Mitglieder des Domkapitels oder Professoren der Theologie, gewählt wurden.
Als Rektoren sind aus dieser Zeit namentlich bekannt:
| Albrecht von Heßberg |
| Günther von der Kere |
| Paul von der Kere |
| Peter von Treysa |
| Johannes Zantfurt |
Der letzte bekannte Rektor ist zugleich auch der einzige, welcher in der maßgeblichen Stadtgeschichte des Chronisten Lorenz Fries erwähnt wird, wie auch seine unrühmliche Ermordnung 1413 aus unbekannten Gründen durch einen Diener in seiner Amtswohnung im Hof zum Großen Löwen (heute Dominikanergasse 6).
Mit dem Tod Egloffsteins 1411 begann aufgrund des fehlenden Rückhalts und der mangelhaften Ausstattung mit Mitteln, Besitz und Stellen der Niedergang der Universität. Für 1427 lässt sich die letzte Berufung eines Professoren nachweisen, in den Jahren danach musste der Lehrbetrieb vermutlich stark reduziert und schließlich eingestellt werden. Die Universität existierte nur noch rechtlich weiter.
