Rektoren von 1582 bis 1699
Die Rektorenwahlen fanden jeweils jährlich am 30. September statt, wobei Wiederwahlen üblich waren.
| 1699 | Fürstbischof Johann Philipp II. von Greiffenklau |
| 1697 | Johann Christoph Augustin Freiherr von Riedheim |
| 1696 | Ambrosius Cook (Abt des Schottenklosters) |
| 1694 | Johann Franz Karl von Ostein (Domherr) |
| 1692 | Wilhelm Ulrich von Guttenberg (Domherr) |
| 1688 | Johann Franz Karl von Ostein (Domherr) |
| 1686 | Franz Reinhard von Elter (Domherr) |
| 1685 | Eucharius Weiner (Abt von St. Stephan) |
| 1684 | Fürstbischof Johann Gottfried von Guttenberg |
| 1683 | Franz Reinhard von Elter (Domherr) |
| 1681 | Fürstbischof Peter Philipp von Dernbach |
| 1679 | Franz Reinhard von Elter (Domherr) |
| 1678 | Antonius von Wildberg (Domherr) |
| 1677 | Johann Richard von Mauchenheim, genannt Bechtolsheim (Domherr) |
| 1676 | Johannes Winheim (Dekan von Neumünster) |
| 1675 | Fürstbischof Peter Philipp von Dernbach |
| 1674 | Eucharius Weiner (Abt von St. Stephan) |
| 1673 | Fürstbischof Johann Hartmann von Rosenbach |
| 1671 | Fürstbischof Johann Philipp von Schönborn |
| 1670 | Friedrich Wiesner (Dekan von Stift Haug) |
| 1668 | Eucharius Weiner (Abt von St. Stephan) |
| 1665 | Johannes Winheim (Dekan von Neumünster) |
| 1663 | Benedikt Gerard (Abt von St. Stephan) |
| 1662 | Joachim Konrad von Seckendorff (Domherr & Dekan des Ritterstifts St. Burkard) |
| 1660 | Johann Christian Bauer von Eyseneck (Dekan von Stift Haug) |
| 1658 | Johann Richard von Frankenstein (Domherr) |
| 1655 | Johann Christoph von Sirgenstein (Domherr) |
| 1650 | Maurus Faber (Abt von St. Stephan) |
| 1647 | Johann Melchior Sölner (Weihbischof & Dekan von Neumünster) |
| 1646 | Maurus Faber, Abt von St. Stephan |
| 1644 | Eberhard Christoph von Seckendorff (Domherr) |
| 1643 | Rudolph von Stadion (Domherr) |
| 1642 | Fürstbischof Johann Philipp von Schönborn |
| 1640 | Adam Gros (Dekan von Stift Haug) |
| 1638 | Eberhard Christoph von Seckendorff (Dekan d. Ritterstifts St. Burkard) |
| 1637 | Zacharias Stumpf (Weihbischof) |
| 1636 | Nikolaus Uebelhör (Dekan von Neumünster) |
| 1631 | Fürstbischof Franz von Hatzfeld |
| 1631 | Jodocus Wagenhauber (Weihbischof & Stiftsherr von Neumünster) |
| 1630 | Johannes Ridner (Stiftsherr zu Haug) |
| 1629 | Wilhelm Ogilibeus (Abt des Schottenklosters) |
| 1627 | Heinrich von Neuneck (Domherr) |
| 1625 | Hieronymus von Würzburg (Domherr) |
| 1624 | Georg von Wiesentau (Domdekan) |
| 1623 | Fürstbischof Philipp Adolph von Ehrenberg |
| 1622 | Johannes Baunacher (Abt von St. Stephan) |
| 1620 | Jodocus Wagenhauber (Generalvikar & Stiftsherr von Neumünster) |
| 1618 | Balthasar Jordan (Dekan von Neumünster) |
| 1617 | Fürstbischof Johann Gottfried von Aschhausen |
| 1616 | Marcus Hammelmann (Dekan von Stift Haug) |
| 1614 | Konrad Friedrich von Thüngen (Domdekan) |
| 1612 | Konrad Ludwig Zobel von Giebelstadt (Domherr) |
| 1611 | Wilhelm Schmidt (Dekan von Neumünster) |
| 1608 | Konrad Ludwig Zobel von Giebelstadt (Domherr) |
| 1607 | Georg Schweikhardt (Generalvikar und Kanonikus von Stift Haug) |
| 1605 | Eucharius Sang (Weihbischof) |
| 1602 | Julius Ludwig Echter von Mespelbrunn (Domherr) |
| 1601 | Nicolaus Greiff (Kanonikus von Stift Haug) |
| 1600 | Nicolaus de Magne-Corcias Maiseck = Mikołaj Mniszech (Palatin von Sandomir) |
| 1599 | Kilian Lantz (Abt von St. Stephan) |
| 1598 | Eucharius Sang (Weihbischof) |
| 1597 | Georg Schweikhardt (Generalvikar und Kanonikus von Stift Haug) |
| 1596 | Michael Seytz (Dekan von Stift Haug) |
| 1595 | Otto Friedrich Schutzpar, genannt Milchling (Domherr) |
| 1593 | Wilhelm Ganzhorn (Dekan von Neumünster) |
| 1591 | Veit Krepser (Dekan von Neumünster) |
| 1590 | Wilhelm Schutzpar, genannt Milchling (Domherr) |
| 1589 | Erasmus Neustetter, genannt Stürmer (Domdekan) |
| 1587 | Sebastian Pollinger (Weihbischof) |
| 1586 | Johann Gerwich, Graf zu Schwarzenberg (Domherr) |
| 1585 | Johann Konrad Kotwitz von Aulenbach (Domdekan) |
| 1584 | Neidhart von Thüngen (Dompropst) |
| 1583 | Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn |
| 1583 | Michael Suppan (Dekan von Stift Haug) |
| 1582 | Fürstbischof Julius Echter von Mespelbrunn |
