Erste bayerische Zeit

Für die Julius-Universität endete damit die behütete, wenn auch geistig enge und provinzielle Zeit unter den Fürstbischöfen. Dass diese die Universität bis zum Ende ihrer Herrschaft wohlwollend förderten zeigt die – quasi als Abschiedsgeschenk – im Februar 1802 vorgenommene Eingliederung des Jesuiten- in den Universitätsfonds, wodurch die finanzielle Ausstattung der Universität nicht unerheblich gestärkt wurde. Dennoch blieb es fast ein Jahr lang ungewiss, ob die Universität Würzburg oder die Universität Bamberg weiter bestehen würde, da es neben der 1802 von Ingolstadt nach Landshut (1826 nach München) verlegten Hochschule nur eine weitere bayerische Landesuniversität geben sollte. Bei der Entscheidung zugunsten Würzburgs spielte die günstige Finanzsituation eine bedeutende Rolle, aber auch die vorteilhafte Lage, welche die Universität zur Mittlerin zwischen Nord- und Süddeutschland machen sollte. Die vorher notwendige grundlegende Reformierung der neuen Landesuniversität berechtigte zur Aufnahme des bayerischen Kurfürsten Maximilian IV. Joseph neben Julius Echter von Mespelbrunn in den Namen der Universität.

Als Vorbild für die Reform dienten die führenden norddeutschen Universitäten. Die Universität verlor ihren konfessionellen Charakter, von nun an waren Katholiken und Protestanten gleichberechtigt. Nach Göttinger Muster wurde eine Kuratel unter Leitung des Generalkommissars für die Fürstentümer in Franken, Graf Thürheim, eingeführt, die als Behörde zwischen Ministerium und Universität vor Ort alle Entscheidungen zu treffen und die Reformen Max Josephs und Montgelas umzusetzen hatte. Die universitäre Selbstverwaltung wurde stark beschnitten, die vier Fakultäten durch zwei Klassen mit jeweils vier Sektionen ersetzt, das Rektorat und der Senat weitgehend entmachtet (die Kuratel konnte entscheidenden Einfluss auf das Ergebnis der Wahl des Prorektors nehmen) sowie die eigene Gerichtsbarkeit der Universität stufenweise auf eine Disziplinaraufsicht reduziert. War diese zunehmende staatliche Bevormundung an der Universität auch äußerst unbeliebt, so erlebte die Universität dennoch, nicht zuletzt wegen der großzügigen Berufungspolitik, einen ungeahnten Aufschwung. Die Universität Würzburg sollte mit jeder anderen Universität konkurrieren können und als eine Mittlerin zwischen den geistig-kulturellen Kräften des deutschen Nordens und Südens Modellcharakter übernehmen. Alte, als rückständig empfundene, Professoren wurden in den Ruhestand versetzt und zahlreiche neue, meist norddeutsch-protestantische, Gelehrte berufen.